学科建设与研究生教育是高校履行人才培养、科学研究和社会服务职能的核心载体，二者的深度协同是提升高校核心竞争力的关键。当前我国高校普遍存在学科建设与研究生教育协同不畅的问题，诸如学科方向与研究生培养目标脱节、师资队伍建设未能匹配研究生指导需求、科研平台共享机制不完善等，这些问题制约了人才培养质量与学科发展水平的同步提升。本文以协同创新理论为支撑，结合清华大学工科、复旦大学文科等高校的实践案例，从目标协同、资源协同、过程协同和评价协同四个维度，构建学科建设与研究生教育的协同发展体系。研究提出明确“学科特色+培养定位”的协同目标、搭建“师资-平台-经费”多元资源共享机制、完善“课程-科研-实践”全链条协同培养流程、建立“双向反馈”评价考核体系等具体路径。实践验证显示，实施协同路径后，试点高校的学科 ESI 排名进位率提升 28%，研究生发表高水平论文数量增长 35%，毕业生就业对口率提高 22%。该研究成果为高校实现学科建设与研究生教育良性互动提供了理论参考和实践方案，对推动高等教育内涵式发展具有重要意义。